Dear Thibaut and Adegenet users,<br><br>I have a polyploid dataset coded as binary (PA datatype) containing 297 individuals and 97 &#39;loci&#39; (microsatellite alleles). I&#39;ve been implementing the find.clusters command, retaining 40 PCA axes to capture &gt;95% of the variance. <br>

<br>The issue is that I get different &#39;best&#39; solutions for the number of K clusters in different find.clusters runs, with a modal value of 9, but ranging from 6-12.  Obviously the actual differences in BIC value are pretty small, but even when I designate a &#39;cut-off&#39; (e.g. when the BIC value must decrease by at least 2 for the solution to be &#39;better&#39; than the previous K), there is variation in the solution. <br>

<br>This variability is even higher when I choose fewer PCA axes to retain (e.g. retaining 80% of the variance), as would be expected, but even when I use 100 PCA axes (&gt;&gt;95% of variance), the value varies between &#39;runs&#39;. <br>

<br>Has anyone else observed this - and do you have any advice?<br><br>Thanks for your help<br><br>Pip <br>