Hello,<br><br>I just updated R on Windows (tried 2.12.0 and then the patched version) and whenever I load the adegenet package ( adegenet 1.2-8), I got error messages and none of the function of the package are working (loading the library &#39;MASS&#39; prior to loading &#39;adegenet&#39; does not change the problem):<br>

<br>###############################################################<br>&gt; R.version.string<br>[1] &quot;R version 2.12.0 Patched (2010-11-04 r53530)&quot;<br>&gt; library(adegenet)<br>Loading required package: MASS<br>
   ==========================<br>
    adegenet 1.2-8 is loaded<br>   ==========================<br><br> - to start, type &#39;?adegenet&#39;<br> - to browse adegenet website, type &#39;adegenetWeb()&#39;<br> - to post questions/comments: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>

<br><br>Error in as.environment(pos) : <br>  no item called &quot;newtable&quot; on the search list<br>In addition: Warning message:<br>In objects(newtable, all.names = TRUE) :<br>  ‘newtable’ converted to character string<br>

Error in as.environment(pos) : <br>  no item called &quot;newtable&quot; on the search list<br>In addition: Warning message:<br>In objects(newtable, all.names = TRUE) :<br>  ‘newtable’ converted to character string<br>&gt; packageDescription(&quot;adegenet&quot;, fields = &quot;Version&quot;)<br>

[1] &quot;1.2-8&quot;<br>&gt; #for example<br>&gt; t463=df2genind(input, ncode=6, missing=NA, pop=datat$sitabb,ploidy=2)<br>Error: could not find function &quot;df2genind&quot;<br>###############################################################<br>

<br>I repeated the same on a Mac version of R and got the same problem:<br><br>###############################################################<br>  ==========================<br>
    adegenet 1.2-8 is loaded<br>
   ==========================<br>
<br>
 - to start, type &#39;?adegenet&#39;<br>
 - to browse adegenet website, type &#39;adegenetWeb()&#39;<br>
 - to post questions/comments: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<br>
<br>
Error in as.environment(pos) :<br>
  no item called &quot;newtable&quot; on the search list<br>
In addition: Warning message:<br>
In objects(newtable, all.names = TRUE) :<br>
  ‘newtable’ converted to character string<br>
Error in as.environment(pos) :<br>
  no item called &quot;newtable&quot; on the search list<br>
In addition: Warning message:<br>
In objects(newtable, all.names = TRUE) :<br>
  ‘newtable’ converted to character string<br>###############################################################<br><br>Using the patches as follows does not change anything to the problem.<br><br>###############################################################<br>

&gt; source(&quot;makefreq.R&quot;)<br>&gt; source(&quot;export.R&quot;)<br>&gt; #for example<br>&gt; t463=df2genind(input, ncode=6, missing=NA, pop=datat$sitabb,ploidy=2)<br>Error: could not find function &quot;df2genind&quot;<br>

###############################################################<br><br>Finally, I tired to install the devel version (as adviced on the website) and got this:<br><br>###############################################################<br>

&gt; install.packages(&quot;adegenet&quot;,repos=&quot;<a href="http://r-forge.r-project.org">http://r-forge.r-project.org</a>&quot;)<br>Warning message:<br>In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :<br>  package ‘adegenet’ is not available<br>

###############################################################<br><br>Older versions of R (2.9.2 Patched) and adegenet (1.2-3) are working well on the same computer.<br><br>Any idea what could be causing the problem and how to fix it?<br>

<br>Thanks,<br><br> Sébastien.<br>