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<TITLE>Looking for help with a PCA using adegenet in R</TITLE>

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<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hello Dr. Jombart<BR>

I was wondering if you could help me with an issue I am having with your program (Adegenet) in R.<BR>

I am attempting to perform a PCA using a structure file. The difference is that this is based on tetraploid data.&nbsp; Structure allows for multiple ploidy, however I am unsure of how to have the program read my data as tetraploid instead of diploid. The genetic information is for a single locus with between 2-4 alleles (with -9 representing missing data)<BR>

<BR>

Here is an example of my file (with -9 representing missing data)<BR>

<BR>

Ind&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Reg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al4<BR>

271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

273&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

465&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

472&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19<BR>

489&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19<BR>

519&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

551&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

466&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19<BR>

749&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26<BR>

111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

173&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

318&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

319&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49<BR>

323&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26<BR>

341&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49<BR>

385&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49<BR>

485&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9<BR>

<BR>

Ind=individual<BR>

Reg=region<BR>

Al1= allele 1<BR>

Al2= allele 2<BR>

Al3= allele 3<BR>

Al4= allele 4<BR>

<BR>

<BR>

Any help would be much appreciated.<BR>

<BR>

Thank you<BR>

Sarrah Castillo<BR>

<BR>

<BR>

____________________<BR>

Sarrah Castillo<BR>

MSc Candidate<BR>

Environmental &amp; Life Sciences Graduate Program<BR>

Trent University, 2140 East Bank Drive,<BR>

Peterborough, Ontario, K9J 7B8, Canada<BR>

e-mail:scastillo@nrdpfc.ca<BR>

<BR>

</FONT>

</P>


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