Dear Jombart,<br>Hi. as i wrote you before, I have 10 populations and 18 microsatellite markers. I want to perform single- marker PCA and global PCA using adegenet package. for reading and then importing my data in genind I peform the following lines:<br>
<span style="color: rgb(51, 51, 255);">sheep&lt;- read.loci(&quot;D:/farhad.txt&quot;, header=TRUE, loci.sep= &quot;\t&quot; , allele.sep = &quot;/&quot;, row.names=1)</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">df2genind(sheep, sep=&quot;/&quot; )<br>
<br></span> then i received the following results: <br><br><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 11"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 11"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5Cfvahidi%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

<p class="MsoNormal">S4 class:<span style="">  </span>genind</p>

<p class="MsoNormal">@call: df2genind(X = sheep, sep = &quot;/&quot;)</p>

<p class="MsoNormal">@tab:<span style="">  </span>411 x 249
matrix of genotypes</p>

<p class="MsoNormal">@ind.names: vector of<span style=""> 
</span>411 individual names</p>

<p class="MsoNormal">@loc.names: vector of<span style=""> 
</span>18 locus names</p>

<p class="MsoNormal">@loc.nall: number of alleles per locus</p>

<p class="MsoNormal">@loc.fac: locus factor for the <span style=""> </span>249 columns of @tab</p>

<p class="MsoNormal">@all.names: list of<span style="">  </span>18
components yielding allele names for each locus</p>

<p class="MsoNormal">@ploidy:<span style="">  </span>2</p>

<p class="MsoNormal">@type:<span style="">  </span>codom</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">Optionnal contents: </p>

<p style="color: rgb(255, 0, 0);" class="MsoNormal">@pop:<span style="">  </span>- empty -</p>

<p class="MsoNormal"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">@pop.names:  - empty -</span></p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">@other: - empty -</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

as you can see about @pop, @pop.names, these are empty. for example when I perform sheep$loc.names and/or sheep$loc.nall i obtained NULL output.<br>would you please let me know my mistake here.<br>Best regards<br>Farhad Vahidi <br>
<br><br><input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>