[adegenet-forum] AWclust

Dragani Tommaso Tommaso.Dragani at istitutotumori.mi.it
Fri Feb 18 09:37:28 CET 2011


Hello,

I am testing genetic relatedness in a general population series, and I have noticed that using the AWclust program (Gao X, Starmer JD. AWclust: point-and-click software for non-parametric population structure analysis. BMC Bioinformatics. 2008 Jan 31;9:77.), the number of clusters and the individual grouping in each cluster are slightly different than using adegenet. AWclust carries out a non-parametric analysis; do you think that this may be a reason for the differences? Do you have any experience in comparison of adegenet results with AWclust results?
With many thanks and best regards.

Tommaso






Dr. Tommaso A. Dragani
Head, Research Unit
"Molecular basis of genetic risk, polygenic models"
Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumori
Via Amadeo 42 - 20133 Milan - Italy
Tel.: +39-0223902642




Il tuo 5 per mille per finanziare la ricerca e la cura.
Inserisci il nostro Codice Fiscale 800 182 301 53 nel riquadro “Finanziamento della Ricerca Sanitaria” della Tua dichiarazione dei redditi.
Da oltre 80 anni all’avanguardia nella ricerca e nella cura dei tumori.
La presente comunicazione, che potrebbe contenere informazioni riservate e/o protette da segreto professionale, è indirizzata esclusivamente ai destinatari della medesima qui indicati. Ogni informazione qui contenuta, che non sia relativa alla nostra attività caratteristica, deve essere considerata come non inviata. Nel caso in cui abbiate ricevuto per errore la presente comunicazione, vogliate cortesemente darcene immediata notizia, rispondendo a questo stesso indirizzo di e-mail, e poi procedere alla cancellazione di questo messaggio dal Vostro sistema. E' strettamente proibito e potrebbe essere fonte di violazione di legge qualsiasi uso, comunicazione, copia o diffusione dei contenuti di questa comunicazione da parte di chi la abbia ricevuta per errore o in violazione degli scopi della presente. Ricordiamo che la tecnologia di trasmissione utilizzata non consente di garantire l’autenticità del mittente né l’integrità dei dati

This communication, which may contain confidential and/or legally privileged information, is intended solely for the use of the intended addressees. All information or advice contained in this communication is subject to the terms and conditions provided by the agreement governing each particular client engagement. If you have received this communication in error, please notify us immediately by responding to this email; then please delete it from your system. Any use, disclosure, copying or distribution of the contents of this communication by a not-intended recipient or in violation of the purposes of this communication is strictly prohibited and may be unlawful. The transmission technology used to send this mail can grant neither the sender identity nor the data integrity


More information about the adegenet-forum mailing list