[adegenet-commits] r487 - pkg/R

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Author: jombart
Date: 2009-11-18 13:24:31 +0100 (Wed, 18 Nov 2009)
New Revision: 487

Modified:
   pkg/R/haploPop.R
Log:
Fixed last code error in haploPopDiv; have now to be able to reset some parameters when using a ini.obj to initialize simulations


Modified: pkg/R/haploPop.R
===================================================================
--- pkg/R/haploPop.R	2009-11-17 17:34:41 UTC (rev 486)
+++ pkg/R/haploPop.R	2009-11-18 12:24:31 UTC (rev 487)
@@ -478,6 +478,50 @@
 
 
 
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 ############
 ## haploPopDiv
 ############
@@ -633,6 +677,8 @@
     res$tab[[1]] <- table(unlist(listPop))
     res$popSize[1] <- sum(sapply(listPop, length))
 
+
+
     ## MAKE SIMULATIONS ##
 
     ## evolve all populations
@@ -672,9 +718,6 @@
         vecS <- vecS[toKeep]
         listAges <- listAges[toKeep]
 
-        res$tab[[i]] <- table(unlist(listPop))
-        res$popSize[i] <- sum(sapply(listPop, length))
-
         ## stop if all pop go extinct
         if(length(listPop)==0L){
             cat("\n All populations went extinct at time",i,"\n")
@@ -682,6 +725,8 @@
               return(res)
         }
 
+        res$tab[[i]] <- table(unlist(listPop))
+        res$popSize[i] <- sum(sapply(listPop, length))
 
         ## FOR DEBUGGING
         ## cat("\n=== ",i," ===")